Dès la mobilisation, le 2 août 1914, J.-L. Thomas quitte la Saône-et-Loire pour l'Alsace et consigne dans un carnet toutes les attaques et replis des alliés ou des ennemis. Ordonné prêtre le 6 janvier 1918, il rejoint la Russie en juillet après avoir été nommé infirmier. Après douze mois d'engagement, il est démobilisé en août 1919.